DEPARTAMENTO DE MATEMÁTICA
INSTITUTO DE CÁLCULO
FCEyN  UBA
 

Análisis Exploratorio y Confirmatorio de Datos de Experimentos de

Microarrays

  Primer Cuatrimestre 2006

 

 

El curso está dirigido a profesionales del área de estadística y matemática

 

 

Objetivos

  • Mostrar la problemática que induce la biología genómica para comprender su funcionamiento.
  • Introducir las características de los experimentos de microarreglos describiendo los diferentes tipos de plataformas.
  • Destacar la naturaleza aleatoria de los datos provenientes de los experimentos.
  • Presentar en forma ordenada la metodología estadística utilizada con mayor frecuencia en el análisis de datos de experimentos de microarreglos.
  • Desarrollar en el/a alumno/a la capacidad de analizar en forma crítica los métodos utilizados en los inicios de estas tecnologías, los actuales y las nuevas propuestas, teniendo presente sus supuestos y limitaciones.           
  • Capacitar al alumno en el uso de un software flexible que permita implementar  nuevos procedimientos.

 

Programa

  1. Introducción a la genómica. Cromosomas. DNA. RNA.
  2. Microarreglos. Tipos de plataformas. Experimento típico.
  3. Procesamiento de la imagen. Conversión de las imágenes TIFF digitales de hibridación en medidas numéricas de intensidad. Grillado. Segmentación y cuantificación.
  4. Control de Calidad. Gráficos. MA MXY.
  5. Cálculo de los niveles de expresión en microarreglos de dos canales y en microchips.  
  6. Preprocesamiento. Enfoques en pasos y enfoques integrados. Modelos. Transformaciones de simetría y estabilización de las varianzas. Métodos de suavizado por núcleos y su aplicación en las normalizaciones. Normalizaciones. Dentro de cada arreglo. Entre arreglos. Normalización por cuantiles.
  7. Preprocesamiento de microarreglos de dos canales. Utilizando R. Lectura de los datos. Acceso a los datos. Control de calidad y normalización.
  8. Preprocesamiento y control de calidad de datos de microchips. Comparación de métodos.
  9. Inferencia en experimentos de microarreglos. Procedimientos de testeo múltiple. Tasa de falsos descubrimientos (false discovery rate). P-valores ajustados. Ajuste por varianzas pequeñas. Procedimiento SAM.
  10. Diseño.  Replicaciones. Replicaciones técnicas. Replicaciones biológicas.
  11. Relaciones entre genes y tejidos. Clasificación de tejidos y muestras. Identificación de genes con similares perfiles de expresión. Medidas de similaridad. Similaridad de genes, similaridad de tejidos.
  12. Análisis de estudios de expresión de genes. El paquete Limma de Bioconductor. Desarrollo de un ejemplo. 

 

Bibliografía

 

Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor Editado por R.  Gentleman, V. Carey, W. Huber, R. Irizarry, y S. Dudoit (2005).
Springer.

 

Statistical Analysis of Gene Expression Data.

Editado por T. Speed. (2003).

Chapman&Hall

 

Exploration and Analysis of DNA Microarray and Protein Array Data.

D. Amaratunga, J. Cabrera. (2003).

Wiley.

 

Microarray Analysis.

M. Schena (2002).

Wiley

 

The Elements of Statistical Learning.

R. Hastie, R. Tibshirani, J. Friedman. (2001).

Springer.

 

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