DEPARTAMENTO DE MATEMÁTICA
INSTITUTO DE CÁLCULO
FCEyN  UBA
 

Aspectos estadísticos de

Microarreglos

  Segundo Cuatrimestre 2007

 

 

Objetivos

 

  • Desarrollar en el/a alumno/a la capacidad de analizar en forma crítica los métodos propuestos.
  • Realizar comparaciones de entre los métodos utilizados en los inicios de estas tecnología, los actuales y las nuevas propuestas, teniendo presente sus supuestos y limitaciones.
  • Discutir publicaciones seleccionadas.
  • Capacitar al alumno en el uso de un software flexible que permita implementar  nuevos procedimientos.

 

Programa

  1. Revisión de temas de biología molecular. Nivel de expresión de genes. Oligos. Sensiblilidad y especificidad para un gen.
  2. Microarreglos de uno y dos canales.
  3. Diseño del experimento. Fuentes de sesgo. Aleatorización. Controles locales.
  4. Diseño de las sondas (probes) y diseño de las muestras dentro de cada arreglo. Controles potenciales para normalización.
  5. Diseño entre arreglos. Tipos de muestras. Replicación, técnica, biológica. Muestras individuales vs. muestras combinadas. Muestras combinadas vs. muestras amplificadas.
  6. Revisión de procedimientos básicos en R. Estructura de datos en R. Estructura de datos de microarreglos. Bioconductor. 
  7. Representación gráfica de un experimento. Comparaciones directas, indirectas y diseño de loop. Criterios de evaluación del diseño: Robustez extensibilidad y eficiencia. Eficiencia teórica vs. resultados empíricos.
  8. Medidas del nivel de expresión de los genes. Cuantificación y normalización en datos microchips de un canal. Corrección por intensidad del fondo.
  9. Comparación de métodos de selección de genes candidatos a estar expresados diferencialmente.
  10. Clusters para datos de microarreglos. Diagnóstico y validación.
  11. Clasificación.
  12. Análisis de genes corregulados: Gene set enrichment analysis.

 

Bibliografía

Analyzing Microarray Gene Expression Data. G. McLachlan,  K. Do, C. Ambroise. Wiley 2004.

 

Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor Editado por R.  Gentleman, V. Carey, W. Huber, R. Irizarry, y S. Dudoit (2005).
Springer.

 

Statistical Analysis of Gene Expression Data.

Editado por T. Speed. (2003).

Chapman&Hall

 

Microarray Analysis.

M. Schena (2003).

Wiley

 

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