DEPARTAMENTO DE MATEMÁTICA

INSTITUTO DE CÁLCULO

FCEyN UBA

Análisis Exploratorio y Confirmatorio de Datos de Experimentos de

Microarrays

Primer Cuatrimestre 2006

Introducción a la genómica y experimentos de microarreglos

Obtención y procesamiento de la imagen de un microarreglo

Vínculo a una foto de un arrayer

Algunos trabajos para discutir (con vínculos para bajarlos):

· Ratio-based decisions and the quantitative analysis of cDNA microarray images

· Comparison of methods for image analysis on cDNA microarray data

· Donuts scratches and blanks: robust model-based segmentation of microarray images

o Presentación: Parte a) Parte b) Parte c)

Lectura de datos

Gráficos Cuantil- Cuantil

Métodos Gráficos con marray

Métodos Gráficos con arrayQuality

Loess

Normalización de 2 canales juntos con marray

Trabajos p/discusión, 2 de junio:

· Statistical issues in cDNA microarray data analysis-Smyth, Yang, Speed 2002-

· Normalization of cDNA microarray data -Smyth Speed 2003

· Evaluation of normalization methods for cDNA microarray data by k-NN classification. -Wu et al 2005

o Presentación

Normalización de canales separados con limma

Trabajos p/discusión, 16 y 23 de junio:

· Summaries of Affymetrix GeneChip probe level data RMA (Robust Multichip Analysis) Irizarry et al (2003)

· A comparison of normalization methods for high density oligonucleotide array data based on variance and bias. Bolstad et al (2003).

· Exploration, normalization, and summaries of high density oligonucleotide array probe level data. Irizarry et al (2003)

o Presentación

Medidas de expresión en chips de alta densidad. Resumen

Selección de genes expresados diferencialmente (a)

Selección de genes expresados diferencialmente (b)

Algunos Papers sobre False Discovery Rate: 1995 2003 2004 2005

Selección de genes expresados diferencialmente (c) Nuevo!

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